История рассказывает об Аптекаре, путешествующем по феодальной Японии. Занимается он не столько торговлей, сколько борьбой с мононокэ, разгневанными духами. Единственным способом борьбы с мононокэ является необычный клинок Аптекаря, для применения которого необходимо сперва раскрыть «Форму» мононокэ, затем узнать «Суть» ...

Действия происходят через 12 тысяч лет после событий первой оригинального «Аквариона». Новые пилоты, новый Акварион, да и сама история полноценна и может рассматриваться самостоятельно. Мир Акварии не такой, как наш. Враг вновь то и дело появляется из другого измерения, нанося урон и похищая людей. Амата Сора — обычный паренек ...