Действия происходят через 12 тысяч лет после событий первой оригинального «Аквариона». Новые пилоты, новый Акварион, да и сама история полноценна и может рассматриваться самостоятельно. Мир Акварии не такой, как наш. Враг вновь то и дело появляется из другого измерения, нанося урон и похищая людей. Амата Сора — обычный паренек ...